Start vom Kosmodrom Baikonur. ISS Expedition 62 / 63. Landung 161 km südöstlich von Dsheskasgan.

Die bisherigen Mitglieder der Flugmannschaft Nikolai Tichonow und Andrej Babkin wurden am 19. Februar 2020 aus medizinischen Gründen durch ihre Ersatzleute ersetzt.

Nach nur sechsstündigem Alleinflug koppelte Sojus MS-16 am 09. April 2020 an die ISS an. Anatoli Iwanischin, Iwan Wagner und Christopher Cassidy bildeten die ISS Expedition 62 (zusammen mit den ISS Expedition 61 Crewmitgliedern Oleg Skripotschka, Jessica Meir und Andrew Morgan). Mit der Ankunft von Sojus MS-16 wurde die Stammbesatzung wieder auf sechs Personen aufgestockt.

In ihren Raumanzügen hatten die Kosmonauten für die Rückkehr zur Erde ihre Plätze im Landemodul eingenommen, nachdem sie die Luke zur Orbitalsektion geschlossen hatten. Dann richteten sie das Raumschiff so aus, das die Triebwerke des Geräteteils in Flugrichtung zeigten. Diese wurden kurz darauf für 320 Sekunden gezündet und leiteten den Abstieg zur Erdoberfläche ein. Im nächsten Schritt erfolgte das planmäßige Abtrennen der Orbitalsektion und des Geräteteils, die beide in der Erdatmosphäre verglühten. Das verbleibende Landemodul wurde so ausgerichtet, dass der Eintrittswinkel für eine möglichst genaue Landung in Kasachstan erreicht wurde. Nach dem Eintritt in die Erdatmosphäre brach der Funkkontakt wegen der heißen Plasmagase rund um die Kapsel ab. Dann löste sich der Deckel des Fallschirmbehälters und der Bremsfallschirm wurde ausgestoßen. Nachdem auch der Hitzeschutzschild abgetrennt worden war, schwebte die Sojus an ihrem Hauptfallschirm Richtung Erdboden. Kleine Feststoff-Bremsraketen, die kurz vor dem Berühren des Bodens ausgelöst worden waren, verminderten die Aufprallgeschwindigkeit. Sofort nach der erfolgreichen Landung wurden die Fallschirmleinen gekappt, damit die Kapsel nicht durch den Wind über den Boden gezogen werden konnte. Nach der Landung gehört es zum Ritual, dass die Kosmonauten das Raumschiff mit ihrer Unterschrift versehen.