Start vom Kosmodrom Baikonur. ISS Expedition 56 / 57. Landung 153 km südöstlich von Dsheskasgan.

Ursprünglich war die NASA-Astronautin Jeanette Epps für diesen Flug vorgesehen. Im Januar 2018 wurde sie jedoch kurzfristig ohne Angabe von Gründen aus der Mannschaft genommen (stattdessen startete Serena Auñón-Chancellor). Epps wäre die erste farbige US-Amerikanerin gewesen, die zu einer Stammbesatzung der ISS gehört hätte und die 15. Afro-Amerikanerin im All. Die NASA teilte mit, dass sie jedoch für spätere Flüge eingeteilt werden könnte.

Nach zweitägigem Alleinflug koppelte Sojus MS-09 am 08. Juni 2018 an die ISS an. Sergej Prokopjew, Alexander Gerst und Serena Auñón-Chancellor bildeten die ISS Expedition 56 (zusammen mit den ISS Expedition 55 Crewmitgliedern Oleg Artjemjew, Andrew Feustel und Richard Arnold). Mit der Ankunft von Sojus MS-09 wurde die Stammbesatzung wieder auf sechs Personen aufgestockt.

In ihren Raumanzügen hatten die Kosmonauten ihre Plätze im Landemodul eingenommen, nachdem sie die Luke zur Orbitalsektion geschlossen hatten. Dann richteten sie das Raumschiff so aus, dass das Triebwerk des Geräteteils in Flugrichtung zeigte. Dieses wurde kurz darauf für 265 Sekunden gezündet und leitete den Abstieg zur Erdoberfläche ein. Im nächsten Schritt erfolgte das planmäßige Abtrennen der Orbitalsektion und des Geräteteils, die beide in der Erdatmosphäre verglühten. Das verbleibende Landemodul wurde so ausgerichtet, dass der Eintrittswinkel für eine möglichst genaue Landung in Kasachstan erreicht wurde. Nach dem Eintritt in die Erdatmosphäre brach der Funkkontakt wegen der heißen Plasmagase rund um die Kapsel ab. Dann löste sich der Deckel des Fallschirmbehälters und der Bremsfallschirm wurde ausgestoßen. Nachdem auch der Hitzeschutzschild abgetrennt worden war, schwebte die Sojus an ihrem Hauptfallschirm Richtung Erdboden. Kleine Feststoff-Bremsraketen, die kurz vor dem Berühren des Bodens ausgelöst worden waren, verminderten die Aufprallgeschwindigkeit. Sofort nach der erfolgreichen Landung wurden die Fallschirmleinen gekappt, damit die Kapsel nicht durch den Wind über den Boden gezogen werden konnte. Nach der Landung gehört es zum Ritual, dass die Kosmonauten das Raumschiff mit ihrer Unterschrift versehen.